La impresión o invaginación basilar consiste en una elevación del suelo de la fosa posterior, con desplazamiento de la apófisis odontoides hacia el interior del agujero occipital. La impresión basilar puede ser secundaria a osteomalacia o enfermedad de Paget, en cuyo caso es raro que origine síntomas neurológicos. La impresión basilar primaria o malformativa se asocia casi siempre a fusión occipitoatloidea y estrechamiento del agujero occipital. Clínicamente puede cursar con piramidalismo, nistagmo, ataxia y alteraciones de los pares craneales inferiores. Los meningiomas del agujero occipital y la esclerosis múltiple producen también manifestaciones parecidas, por lo que deben tenerse siempre en cuenta en el diagnóstico diferencial. En muchas ocasiones puede existir una hidrocefalia, un Chiari o un síndrome siringomiélico añadido.
El diagnóstico de la impresión basilar es sobre todo radiológico. En proyección lateral existe impresión basilar si la odontoides sobrepasa el borde posterior del agujero occipital. La RM está siempre indicada para descartar la existencia de otras lesiones, como la malformación de Chiari, la siringomielia y los tumores del agujero occipital. El tratamiento quirúrgico está indicado en muchos casos, en función de la sintomatología del paciente y de la asociación a la IB de una siringomielia o un Chiari, o ambos. La compresión neurológica producida por impresiones basilares apreciables, producen déficits neurológicos con el tiempo, que llegan a ser irreversibles si no se trata con cirugía la patología .

La fusión de las vértebras cervicales o síndrome de KlippelFeil produce un cuello corto con limitación de los movimientos de la columna cervical. En su forma más frecuente, tan sólo dos o tres vértebras aparecen fundidas. Otras veces es toda la columna cervical la que se une formando un bloque. El síndrome de KlippelFeil suele asociarse a impresión basilar o siringomielia.